核酸變性預制膠在分離片段DNA分子時效果很好，分辨率很高，甚至相差1bp的DNA的片段都能分開，一個標準點樣孔中可以容納相對大量的DNA。所以常被用于蛋白印跡實驗、遺傳圖譜構建、數量形狀基因定位、標記輔助選擇等生物多樣性研究等。
核酸變性預制膠的操作步驟：
一、非變性預制膠：
1、準備樣品：將樣品和loadingbuffer（5×）按照4：1混合均勻。
2、準備1×runningbuffer：取200ml的5×TBEbuffer，加入去離子水至1L，制備成1×TBEbuffer。
3、將預制膠裝入兼容的電泳槽中，加入電泳緩沖液，再緩慢地將梳子拔出。
4、上樣：在梳孔內加入適當濃度和體積的DNA樣品。
5、電泳條件：150V,50~75min（電泳時間取決于凝膠濃度）
6、電泳結束，取出凝膠。
二、尿素變性預制膠：
1、準備樣品：將樣品和UREA-TBEloadingbuffer（5×）按照4：1混合均勻,100℃下加熱3-5min。
2、準備1×runningbuffer：取200ml的5×TBEbuffer，加入去離子水至1L，制備成1×TBEbuffer。
3、將核酸變性預制膠裝入兼容的電泳槽中，加入電泳緩沖液，再緩慢地將梳子拔出。
4、上樣：用1×TBEbuffer反復沖洗梳孔以清除梳孔內的尿素，在梳孔內加入適當濃度和體積的DNA樣品。
5、電泳條件：150V,50~75min（電泳時間取決于凝膠濃度）
6、電泳結束，取出凝膠。
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